انکودر مغناطیسی از دو قسمت تشکیل شده است: روتور و حسگر. روتور با شفت میچرخد و در اطراف محیط خود قطبهای متناوب (میدان مغناطیسی متناوب) ایجاد میکتد. سنسور این تغییرات کوچک را در موقعیت N >> S و S >> N تشخیص میدهد. روشهای زیادی برای تشخیص تغییرات میدان مغناطیسی وجود دارد، اما دو روش اصلی مورد استفاده در انکودرها عبارتند از: اثر هال و مقاومت الکتریکی است. سنسورهای اثر هال با تشخیص تغییر ولتاژ توسط انحراف مغناطیسی الکترونها کار میکنند. حسگرهای مقاومتی مگنتو تغییر مقاومت ناشی از میدان مغناطیسی را تشخیص میدهند.