انکودر سینوسی از نظر طراحی و عملکرد مشابه انکودر افزایشی است. هر دو انکودر، موقعیت و جهت، دورانی یا خطی را اندازه‌گیری می‌کنند و هر دو با فناوری سنجش نوری یا مغناطیسی در دسترس هستند.
تفاوت اصلی بین این دو انکودر این است که انکودرهای سینوسی اطلاعات موقعیت و جهت را به صورت امواج سینوسی آنالوگ 1 ولت (1Vpp) -که به طور معمول "A" و "B" نامیده می‌شوند-  با یک ربع اختلاف فاز ارائه می‌دهند. از سوی دیگر، انکودرهای افزایشی، اطلاعات موقعیت و جهت را به عنوان یک جفت امواج مربعی دیجیتال چهارگوش ارائه می‌دهند. این تفاوت در شکل موج خروجی اجازه می‌دهد تا انکودر سینوسی وضوح قابل توجه بالاتری از آنچه انکودرهای افزایشی می‌توانند ارائه دهند، داشته باشند.
وقتی دو موج سینوسی در ربع یکسان قرار داشته باشند، یکی از آنها در واقع کسینوس است. به همین دلیل است که از انکودر سینوسی به عنوان انکودر "سینوس-کسینوس" نیز یاد می‌شود.

انکودر سینوس- کسینوس

هر دو انکودرهای افزایشی و سینوسی می‌توانند از رمزگذاری X4 برای افزایش چهار برابر وضوح (resolution) استفاده کنند. برای انکودرهای سینوسی، این کار با شمارش تعداد عبور صفر شکل موج در هر دوره انجام می‌شود. برای انکودرهای افزایشی، این امر مستلزم شمردن میزان بالا و پایین آمدن هر دو موج مربع در هر دوره است. اما از آنجا که آنالوگ سینوسی پیوسته است - نه توابع مرحله‌ای، همچون امواج مربع دیجیتالی انکودرهای افزایشی - سیگنال‌ها می‌توانند در تعداد بسیار خوبی تجزیه و یا درهم آمیخته شوند تا وضوح موقعیت بسیار بالایی ارائه دهند.
​​​​​​​برای کاهش اثرات نویز، انکودرهای سینوسی می‌توانند از تکنیکی استفاده کنند که به آن سیگنالینگ دیفرانسیل گفته می‌شود، که در آن دو سیگنال مکمل بر روی هر کانال منتقل می‌شود. این روش همچنین برای کاهش نویز در انکودرهای افزایشی نیز استفاده می‌شود، اگرچه سیگنال‌های آنالوگ انکودرهای سینوسی نسبت به سیگنال‌های دیجیتالی نسخه‌های افزایشی، بیشتر در معرض نویز هستند.

این سیگنال‌های مکمل -که اغلب "-A-" ،"B" و "-R" نامیده می‌شوند - همان سیگنال‌های اصلی اما با تغییر فاز 180 درجه هستند. از آنجا که هر نویز روی سیگنال‌ها یکسان است (به عنوان نویز "حالت مشترک" شناخته می‌شود)، گرفتن اختلاف دو سیگنال، نویز را از بین می‌برد اما شکل موج سیگنال را حفظ می‌کند.

افزایشی یا مطلق؟
   همانند انکودرهای افزایشی، خروجی انکودر  سینوسی می‌تواند شامل یک سیگنال مرجع باشد  که اغلب "R" یا "Z" نامیده می‌شود. دامنه سیگنال مرجع، کمی کمتر از سیگنال‌های A و B است و اوج آن فقط یک بار در هر دور چرخش انکودر رخ می‌دهد. برخی از تولیدکنندگان، انکودرهای سینوسی را با سیگنال مرجع به عنوان انکودرهای "مطلق" معرفی می‌کنند، اما در واقع، آنها در یک دور شفت
فقط می‌توانند اطلاعات موقعیت مطلق را ارائه دهند. 

سبد خرید